U tačno određeno vreme, najčešće 35-36 sati nakon pomenute stop ampule neophodno je izvesti vađenje jajnih ćelija. Procedura se izvodi pod kontrolom ultrazvuka, kroz vaginu, tankim iglama kojima se ulazi u folikule jajnika.

Sama procedura može da se izvodi i u budnom stanju, ali žene češće preferiraju izvođenje procedure u kratkotrajnoj anesteziji (intravensko uspavljivanje, bez intubacije), što je i standardna praksa u našoj ustanovi. Sama procedura traje u proseku 5-10 minuta, pacijent se budi iz anestezije, odmori u bolnici još 1-2 h i nakon toga može da se vrati svojim obavezama.
Aspirirane jajne ćelije predaju se embriologu u laboratoriju, kao i uzorak spermatozoida partnera (tako da je ovo etapa koja obično zahteva prisustvo oba partnera, ukoliko se ne radi o upotrebi zamrznuutih spermatozoida) koji nastavlja dalji rad sa dobijenim polnim ćelijama.